1899–1947: Von der Gründung und den ersten Jahrzehnten

Am 4. Februar 1899 gründeten 16-jährige Schüler aus handelsbürgerlichen Kreisen mit dem Fußballverein Werder von 1899, einem reinen Fußballverein, den Vorläufer des heutigen SV Werder Bremen. Sie hatten bei einem Tauzieh-Wettbewerb einen Fußball gewonnen und mit diesem erstmalig am Stadtwerder gespielt, wodurch der Grundstein für den FV Werder Bremen und dessen Namen gesetzt wurde. Bereits im Dezember 1899 trat der FV Werder dem Verband Bremer Fußball-Vereine bei. In den ersten Jahren durften nur Männer Mitglied werden, die eine höhere Schulbildung nachweisen oder eine Zweidrittelmehrheit im Vorstand für sich gewinnen konnten. 1903 wurde der Verein mit drei Mannschaften erstmals in allen drei existierenden Spielklassen Bremer Meister und war 1905 der erste Bremer Klub, der Eintrittsgelder verlangte und sein Spielfeld einzäunte. Der FV Werder Bremen qualifizierte sich 1912 als einziger Bremer Verein für die neu gegründete Norddeutsche Verbandsliga, an der er ab 1913 teilnahm. Der Verein musste sich in dieser Zeit gegen nationalistische Tendenzen, vor allem aus der Turnerbewegung, zur Wehr setzen, die den Fußball für einen „Unsport“ und wegen seiner englischen Herkunft für „undeutsch“ hielten. Trotzdem wurde während des Ersten Weltkrieges der Spielbetrieb weitergeführt und 1916 erneut die Bremer Meisterschaft gewonnen.

Anders als einige andere Vereine überstand der FV Werder trotz vieler gefallener Mitglieder die Kriegsfolgen, was vor allem dem Engagement des damaligen Vorsitzenden Hans Jarburg zu verdanken war. Nach dem Krieg wurde mit der Neustrukturierung des Vereins begonnen. Ab 1919 durften auch Frauen Mitglieder werden; ein Jahr später erfolgte, dem Trend der damaligen Zeit entsprechend, die Erweiterung vom Fußball- zum Sportverein mit unter anderem einer Tennis-, Leichtathletik- Schach- und damals auch Baseball- und Cricketabteilung. Dem entspricht die im selben Jahr durchgeführte Umbenennung in Sportverein Werder Bremen von 1899, wobei Fußball weiterhin die wichtigste Sportart innerhalb des Vereins blieb. Waren die Mitgliederzahlen vor dem Ersten Weltkrieg nicht über die Grenze von 300 hinausgekommen, stieg die Anzahl jetzt zeitweilig auf über 1000.

Als erster Bremer Verein engagierte er 1922 mit dem Ungarn Franz Konya einen professionellen hauptberuflichen Trainer, der aus dem Sportlehrerfond finanziert wurde. Die damalige Hyperinflation und Werders daraus resultierenden Finanzprobleme führten jedoch zur baldigen Trennung. 1924 kehrte Konya zurück an die Weser. Ab 1921 spielte Werder in der Westkreisliga, der damals höchsten Spielklasse. In der ersten Saison wurde zunächst nur der siebte von acht Plätzen belegt. Als die Liga in der nächsten Spielzeit in die Staffeln Weser und Jade unterteilt wurde, erreichte Werder in letzterer den ersten Rang und wurde nach einem 5:0-Sieg im Entscheidungsspiel gegen den VfB Oldenburg Meister der Westkreisliga. In der Qualifikation zur Endrunde um die inoffizielle Norddeutsche Meisterschaft schied der Verein gegen Arminia Hannover aus. Ab der Saison 1924/25 wechselte Werder in die Staffel Weser, in der er 1926 Erster wurde, aber im Entscheidungsspiel gegen den Bremer SV mit 1:6 verlor. Im nächsten Jahr wurde nach einer Endspielniederlage gegen Komet Bremen erneut die Vizemeisterschaft der Westkreisliga erreicht. Auch 1928 unterlag Werder, nun wieder in der Staffel Jade antretend, diesem Verein im Endspiel. Nachdem die Saison 1928/29 ausgefallen war, konnte Werder im nächsten Jahr die Oberliga Weser/Jade auf Platz vier abschließen. Im Achtelfinale der Endrunde um die Norddeutsche Meisterschaft schied der Verein 1931 gegen Altona 93 nach Verlängerung mit 2:3 aus und belegte zwei Jahre später nur den letzten von vier Plätzen. Da sich eine Professionalisierung des Fußballs andeutete, der bis dato reiner Amateursport gewesen war, verstärkte Werder Anfang der 1930er-Jahre seine Mannschaft mit einigen späteren Nationalspielern: 1933 kam Hans Tibulski nach Bremen und bei der Weltmeisterschaft 1934 im Spiel um Platz drei trug der im Januar desselben Jahres verpflichtete Matthias Heidemann als erster Bremer Spieler das Nationaltrikot.

Ein geeigneter Ort für die Spiele und zum Training war auch 1925, also zwei Jahre nach der Westkreisligameisterschaft, noch nicht gefunden, so dass der Verein mit dem Allgemeinen Bremer Turn- und Sportverein (ABTS) um den Bau eines Stadions am Weserufer konkurrierte, wobei sich der ABTS durchsetzte. Wie zu dieser Zeit auch mehrere andere Bremer Vereine trug Werder seit 1930 die meisten, später alle seine Heimspiele in der nun Weserstadion genannten ehemaligen ABTS-Kampfbahn aus, da sich der ABTS beim Bau finanziell übernommen hatte und das Stadion an den Sportverein Werder Bremen von 1899 verpachten musste.

Werders erste überregionale Erfolge fielen in die Zeit der nationalsozialistischen Diktatur, als die Bremer Kampfbahn (Weserstadion) oft für politische Propagandaveranstaltungen der Nationalsozialisten benutzt wurde. Unter Trainer Walter Hollstein wurde die neue Gaumeisterschaft Niedersachsen 1934, 1936, 1937 und 1942 gewonnen. Im Jahr 1935 wurde in der Gauliga Niedersachsen, wie auch 1943 in der Gauliga Weser-Ems die Vizemeisterschaft erreicht. Der machtzentrierte Aufbau des damaligen Staatsapparates spiegelte sich in der Vereinsführung wider: In dieser Zeit besaß ein Einzelner alle Machtbefugnisse. Kurz vor dem Ende des Zweiten Weltkrieges musste der Spielbetrieb eingestellt werden. Am 10. November 1945 wurde der Sportverein Werder Bremen von 1899 aufgelöst und nach einer Fusion mit den 1933 verbotenen Vereinen TV Vorwärts Bremen und Freie Schwimmer 1910 Bremen der Turn- und Sportverein TuS Werder 1945 Bremen wiedergegründet.

1946 wurde mit SV Grün-Weiß 1899 Bremen erneut ein anderer Vereinsname angenommen. Die Vorgaben der damaligen amerikanischen Besatzungsmacht verboten das Weiterbestehen oder die Neugründungen von Vereinen, die es bereits während des Dritten Reiches gegeben hatte. Der spätere Vereinspräsident Hansi Wolff und andere trafen sich deshalb heimlich, um den Spielbetrieb möglichst schnell wieder aufzunehmen. Der neue Name wurde dem Verein einen Monat später ebenfalls verboten, da durch die enthaltene Jahreszahl dessen Tradition deutlich wurde, so dass am 28. März 1946 eine weitere Umbenennung, diesmal in SV Werder Bremen erforderlich wurde.Im selben Jahr wurden der Spielbetrieb in Bremen wieder aufgenommen und Werder gewann die Bremer Stadtmeisterschaft (siehe: Bezirksmeisterschaftsliga (britische Zone)) sowie ein Jahr später die Niedersachsenmeisterschaft.

Zu den heute noch bekannten Spielern der 1930er- und 1940er-Jahre gehören Vereinsangaben nach neben Heidemann, Ziolkewitz, Tibulski, Scharmann und Hundt.

1947–1963: Die Nachkriegszeit in der Oberliga Nord

Nachdem mit den Oberligen Süd und Südwest bereits 1945 erste regional unterteilte Oberligen gegründet worden waren, setzte sich diese Entwicklung bis 1947 in ganz Westdeutschland durch. Werder Bremen gehörte von 1947 bis 1963 der Oberliga Nord an, in der eine inoffizielle norddeutsche Meisterschaft ausgespielt wurde und deren erfolgreichste Mannschaften sich für die Endrunde um die Deutsche Meisterschaft qualifizierten. Dort trat man unter anderem gegen den FC St. Pauli und Hannover 96 an. Werder Bremen stand deutlich im Schatten des Hamburger SV, der die Oberliga in 15 von 16 Jahren gewann, und hatte zunächst Mühe, sich gegen Lokalrivalen wie den Bremer SV oder TuS Bremerhaven 93 zu behaupten; immerhin sprangen in dieser Zeit auch zwei dritte Plätze heraus (1952/53 unter Trainer Sepp Kretschmann und 1954/55 unter Trainer Alfred Schulz ). Werders Situation verbesserte sich mit der Verpflichtung des zwischen 1958 und 1963 tätigen Trainers Georg Knöpfle, eines ehemaligen A-Nationalspielers, der sich durch seine Teilnahme an den Olympischen Spielen 1936 in Berlin einen guten Ruf verschafft hatte. Auch die Mannschaft wurde verstärkt: Es gelang Werder 1958 neben Helmut Schimeczek nach einem langen Streit mit dem HSV den späteren Nationalspieler und Spielmacher Willi Schröder für sich zu gewinnen. Der Versuch des HSV, diesen mit einem verbotenen Handgeld in Höhe von 15.000 Deutschen Mark zu überzeugen, war aufgeflogen. Auch die 1961 erfolgte Verpflichtung der Schalker Willi Soya und Helmut Jagielski erwies sich als positiv. So gelang es Werder in den letzten fünf Spielzeiten der Oberliga, sich hinter dem HSV als zweiterfolgreichste Mannschaft des Nordens zu etablieren: Von 1959 bis 1963 wurde die Mannschaft durchgehend Vizemeister der Oberliga Nord und konnte sich dadurch neben dem HSV und Eintracht Braunschweig als eine von drei norddeutschen Mannschaften für die neu gegründete Fußball-Bundesliga qualifizieren. Während der Bremer SV aus der Liga abgestiegen war, trennten Werder in der letzten Oberligasaison nur noch zwei Punkte vom Serienmeister HSV.

Sportlicher Höhepunkt der Oberligazeit war der Gewinn des DFB-Pokals 1961 mit einem 2:0 im Endspiel gegen den 1. FC Kaiserslautern durch Tore von Schröder und Jagielski.

Im Europapokal der Pokalsieger konnte im folgenden Jahr zwar der dänische Aarhus GF im Hin- und Rückspiel besiegt werden, im Viertelfinale schied Werder Bremen gegen den dritten Gegner Atlético Madrid aus.

Weil der Verein in dieser Zeit oftmals gegen starke Gegner gewann, aber bei schwachen unterlag, wurde er damals „die Sphinx des Nordens genannt. Das Einkommen von Fußballspielern war damals wegen einer vorgegebenen Höchstgrenze von 320 Deutschen Mark für die Bestreitung des Lebensunterhalts nicht ausreichend. Deshalb arbeiteten viele Bremer Spieler zusätzlich bei einem amerikanischen Unternehmen aus der Tabakbranche, das den Verein finanziell unterstützte. Die Mannschaft wurde in dieser Zeit deshalb oft als Texas-Elf bezeichnet.

Namhafte Spielerpersönlichkeiten der Oberligazeit des SV Werder waren nach Vereinsangaben Pico Schütz, Horst Gemhard, Richard Ackerschott, Horst Stange, Max Lorenz, Willi Schröder und Torwart Dragomir Ilic.Zu nennen sind auch Willi Soya und Helmut Jagielski.

1963–1971: Auf und Ab in der Bundesliga

Der SV Werder war 1963 einer der Gründungsvereine der Fußball-Bundesliga. In der ersten Saison musste der eigentlich schon nicht mehr aktive ehemalige Stammtorhüter Dragomir Ilic kurzzeitig reaktiviert werden, da sich noch vor Saisonbeginn nacheinander die ersten sechs Torhüter verletzten. Nachdem diese Spielzeit im ungefährdeten Mittelfeld auf Platz zehn abgeschlossen worden war, konnte in der Saison 1964/65, also dem Jahr, in dem sich die Gründung der Stadt Bremen zum 1000. Mal jährte, „völlig überraschend“ erstmals die Deutsche Meisterschaft erreicht werden. Die am 17. Spieltag erklommene Tabellenspitze wurde bis zum Saisonende nicht mehr abgegeben. Dies war der „Mannschaft ohne Stars“ durch gut integrierte Neuzugänge wie Horst-Dieter Höttges, dem Nationalspieler Heinz Steinmann und Klaus Matischak möglich 

Das folgende Jahr konnte auf Platz vier, die Saison 1966/67 nur noch auf Platz 16, vier Punkte vor den Abstiegsrängen, abgeschlossen werden. Obwohl 1967/68 nach einem Marsch von Platz 18 bis auf den zweiten Tabellenplatz die Vize-Meisterschaft errungen werden konnte, gelang es Werder Bremen nicht, sich dauerhaft unter den Spitzenvereinen der Bundesliga zu etablieren. Erfolgreichen Jahren folgten immer wieder enttäuschende Platzierungen im grauen Mittelfeld oder sogar nahe den Abstiegsrängen. Im Spiel beim Tabellenführer Borussia Mönchengladbach am 3. April 1971 kam es zu einer in der Bundesligageschichte einmaligen Situation: kurz vor Schluss beim Spielstand von 1:1 fielen zwei Spieler bei einer Torszene in das Netz des Bremer Tores, wobei einer der damals noch hölzernen Pfosten durchbrach und das Tor einstürzte. Nachdem die Bremer sich im Gegensatz zu den Mönchengladbachern und deren Ordnern, die aufgrund des Spielstands auf ein Wiederholungsspiel hofften, vergeblich bemüht hatten, das Tor wieder aufzurichten, um den erreichten Spielstand zu retten, brach der Schiedsrichter das Spiel ab. Bremen erhielt nachträglich beide Punkte, da Gladbach kein Ersatztor bereitgehalten hatte.

Die ersten Bundesligajahre wurden neben den bereits genannten durch Spielerpersönlichkeiten wie Pico Schütz, Günter Bernard, Sepp Piontek oder Max Lorenz mitbestimmt.

1971–1980: Niedergang

Nachdem Werder in den drei Jahren zuvor ins Mittelmaß gesunken war, versuchte der Verein in der Saison 1971/72 in einem Kraftakt als so genannte „Millionenelf“ mit der finanziellen Unterstützung der Bremer Wirtschaft und der Stadt Bremen sowie Trikots in den Bremer Landesfarben Rot und Weiß an bessere Zeiten anzuknüpfen. Ohne klares Konzept und ohne Absprache zwischen Trainer und Vereinsführung wurden viele Stars aus der Bundesliga mittels hoher Gehaltsangebote an die Weser beordert. Ein Wechsel Günter Netzers kam nur deshalb nicht zustande, weil dieser zusätzlich die Übernahme der damaligen Stadionzeitschrift Werder-Echo forderte. Hintergrund dieser Käufe, unter denen Werder noch Jahre später finanziell litt und die sich in fast allen Fällen nie auszahlten, war die für die nächste Saison beschlossene Abschaffung der Transferhöchstgrenze von 100.000 Deutschen Mark, die in der Saison 1971/72 noch in den DFB-Statuten verankert war. Der Erfolg, den Werder hatte erzwingen wollen, trat nicht ein. In dieser Saison waren vier Trainer in Bremen tätig und am Ende einer Spielzeit, in der das nicht zueinander passende Starensemble nur in seltenen Ausnahmen glänzen konnte, stand ein enttäuschender elfter Platz.

Danach blieb Werder Bremen im Ligamittelmaß und zählte dauerhaft zu den so genannten „grauen Mäusen“, später immer wieder zu den Abstiegskandidaten der Liga. Der Fall in die Zweitklassigkeit konnte in der Saison 1974/75 mit einem Punkt Vorsprung auf Platz 16 noch knapp und in der darauf folgenden Spielzeit nur durch einen späten Trainerwechsel zu Gunsten Otto Rehhagels erreicht werden, nachdem die nun wieder Grün-Weißen am 29. Spieltag auf Platz 16 gerutscht waren. Doch nach der Spielzeit 1979/80 musste schließlich als Vorletzter der Gang in die 2. Bundesliga Nord angetreten werden. War die Heimbilanz mit zehn Siegen und zwei Unentschieden durchaus passabel, wurden neben einem Unentschieden und einem Sieg sämtliche Auswärtspartien verloren, davon zehn mit vier oder mehr Gegentoren. Schon in den kritischen Jahren zuvor hatte der Verein seinen Verbleib in der 1. Liga den im Weserstadion erzielten Punkten zu verdanken, die diesmal nicht ausreichten. In dieser Periode der ausbleibenden Erfolge kam es bei Werder von 1971 bis zum Abstieg 1980 zu neun Trainerwechseln. Einige Cheftrainer waren nur wenige Wochen oder Monate tätig.

Zu den wenigen bei Werder herausragenden Spielerpersönlichkeiten der Jahre vor dem Abstieg gehörten Per Røntved und Dieter Burdenski, der zum deutschen Aufgebot zur WM 1978 in Argentinien gehörte.

1980–1987: Aufstieg einer Spitzenmannschaft

In der Saison 1980/81, der einzigen Zweitligaspielzeit von Werder Bremen, gelang unter Kuno Klötzer und Otto Rehhagel trotz eines Einbruchs bei den Zuschauerzahlen der direkte Wiederaufstieg. Dabei erzielte Werder mit 30 Siegen, acht Unentschieden und nur vier Niederlagen einen Rekord in der Zweitligageschichte. Klötzer musste im März 1981 aus gesundheitlichen Gründen sein Traineramt niederlegen und wurde durch Rehhagel ersetzt. Dieser baute zusammen mit Manager Willi Lemke in den folgenden Jahren kontinuierlich eine starke Mannschaft auf und führte den Club zu dessen Glanzzeit in den 1980er- und frühen 1990er-Jahren. Werder wurde zum Hauptkonkurrenten des FC Bayern München und war zeitweise sogar erfolgreicher als dieser, womit die besondere gegenseitige Rivalität dieser Vereine ihren Anfang nahm. Im Spiel beider Mannschaften am 21. August 1982 gelang dem Werderaner Uwe Reinders das so genannte Einwurftor: Der Bayerntorhüter Jean-Marie Pfaff berührte als einziger Reinders kräftigen Einwurf, bevor der Ball die Torlinie passierte, so dass der Treffer zählte. Im selben Jahr verpflichtete Werder Rudi Völler, den Torschützenkönig der vorjährigen Zweitligasaison, als Ersatz für Erwin Kostedde. Der Verein hätte eigentlich die Verpflichtung Dieter Schatzschneiders vorgezogen und nahm Völler nur unter Vertrag, weil der Wunschspieler nicht zu bekommen war. Völler gelang es daraufhin als erstem Spieler in der Geschichte der Bundesliga, den Titel des Torschützenkönigs nach der Zweiten Liga anschließend in der Bundesliga ebenfalls zu erringen.

Zwischen 1982 und 1987 spielte Werder Bremen attraktiven Offensivfußball und erreichte sechsmal hintereinander einen Platz unter den ersten Fünf der Tabelle und damit die Teilnahme am UEFA-Pokal; allerdings blieb diese Zeit ohne bedeutenden Titelgewinn. Die Deutsche Meisterschaft wurde mehrfach knapp, 1982/83 und 1985/86 nur auf Grund des schlechteren Torverhältnisses verpasst, 1986 unter für den Verein „traumatischen“ Umständen: Am vorletzten Spieltag gegen Bayern München vergab Michael Kutzop in der 88. Minute nach „zweiminütigen“ Störmanövern per Pfostenschuss einen Handelfmeter, mit dem der Meistertitel hätte vorzeitig sichergestellt werden können. Die zweite Chance zur Meisterschaft verspielte Werder vier Tage später: Ein Unentschieden hätte dem einunddreißigmaligen Tabellenführer dieser Saison am letzten Spieltag in jedem Fall ausgereicht, doch Werder verlor gegen den in den Hinrunde mit 6:0 besiegten VfB Stuttgart und wurde aufgrund des gleichzeitigen Siegs der Bayern erneut nur Vizemeister. Kutzops Leistungen, der alle anderen seiner vierzig Elfmeter verwandelt hatte, wurden danach trotz der durch die Mannschaft vergebenen zweiten Chance oft auf diesen einen Fehlschuss reduziert.

Geprägt wurde diese Phase vor allem durch Rudi Völler, der bei Werder Bremen Nationalspieler, internationaler Star und 1983 Torschützenkönig wurde, aber auch durch Spieler wie Klaus Fichtel, Bruno Pezzey, Jonny Otten, Thomas Schaaf, Wolfgang Sidka, Benno Möhlmann, Norbert Meier, Frank Ordenewitz und Uwe Reinders.

1987–1995: Titel und Erfolge

Nachdem sich Werder in den Jahren zuvor in der Spitzengruppe der Bundesliga etablieren, allerdings keine Titel gewinnen konnte, wurden die nächsten, von Rehhagels „kontrollierter Offensive“ geprägten Jahre zu den titelreichsten der Vereinsgeschichte. Zwischen 1988 und 1995 war Werder Bremen die neben Bayern München erfolgreichste Mannschaft des deutschen Fußballs: In der Saison 1987/88 wurde mit den bis zur Saison 2007/08 wenigsten Gegentoren der Bundesligageschichte zum zweiten Mal die Deutsche Meisterschaft errungen. Garant hierfür war neben Torwart Oliver Reck die meist aus Rune Bratseth, Uli Borowka, Gunnar Sauer, Jonny Otten und Thomas Schaaf zusammengesetzte Abwehr sowie der Stürmer Karl-Heinz Riedle, der in der Rückrunde 14 Treffer in 17 Spielen erzielt hatte. 27 Mal führte Werder die Tabelle an und stand bereits nach dem 31. Spieltag als Meister fest.

Im nächsten Jahr qualifizierte sich die Mannschaft als Tabellendritter für den UEFA-Pokal. In der dritten Runde traf Werder Bremen auf den SSC Neapel, der seinerzeit zu den besten Vereinen Europas gehörte und mit Nationalspielern wie Gianfranco Zola (Italien), Careca, Alemão und Diego Maradona hochkarätig besetzt war. Das Auswärtsspiel, das mit 3:2 gewonnen wurde und das anschließende Heimspiel, das Werder 5:1 gewann, gehören zu den besten Spielen Werders überhaupt. 1989, 1990 und 1991 wurde das Finale des DFB-Pokals erreicht, das nur 1991 im Elfmeterschießen gegen den 1. FC Köln gewonnen werden konnte.

Ein Jahr später wurde der neunte Platz in der erstmals durch ostdeutsche Teams aufgestockten Bundesliga durch den Gewinn des Europapokals der Pokalsieger in Lissabon und damit dem bedeutendsten internationalen Erfolg positiv überlagert. Dabei konnten unter anderem mit Galatasaray Istanbul, dem FC Brügge und schließlich im Finale dem AS Monaco mehrere renommierte Mannschaften besiegt werden. Klaus Allofs, Werders heutiger Geschäftsführer des Bereichs Fußball, schoss dabei kurz vor der Pause das 1:0.

In der Saison 1992/93 übernahm Werder erst am 33. Spieltag die Tabellenführung und konnte mit einem Punkt Vorsprung die Meisterschaft gewinnen. Vor allem Wynton Rufer im Sturm sowie der neu erworbene Spielmacher und spätere österreichische Rekordnationalspieler Andreas Herzog stachen positiv hervor. Für die folgende Saison qualifizierte sich Werder als erster deutscher Verein für die Gruppenphase der UEFA Champions League und schied dort hinter dem FC Porto und dem späteren Sieger AC Mailand aus.

Ein erneuter Gewinn des DFB-Pokals gelang 1994 mit einem ungefährdeten Finalsieg über den Zweitligisten Rot-Weiss Essen, wobei in diesem Jahr drei der vier Viertelfinalspiele durch Elfmeterschießen beendet und viele Bundesligisten von niederklassigen Mannschaften aus dem Wettbewerb geworfen worden waren.

Im letzten Jahr unter der Regie Rehhagels wurde die Meisterschaft durch ein 2:4 beim FC Schalke 04 am 32. und ein 1:3 beim FC Bayern München am letzten Spieltag verpasst.

Geprägt war diese Zeit neben den bereits erwähnten Spielern durch Dieter Eilts, Thomas Wolter, Mirko Votava, Günter Hermann, Frank Neubarth, und Marco Bode.

1995–1999: Ende einer Ära

Nachdem Werder Bremen 1995 noch einmal Vizemeister geworden war und Rehhagel nach 14-jähriger Amtszeit den Verein verlassen hatte, waren die Zeiten der Titelgewinne und Erfolge in der Bundesliga zunächst vorbei. Es folgten mittelmäßige Platzierungen und mehrere Trainerwechsel (Aad de Mos, Dixie Dörner, Wolfgang Sidka). Die Saison 1998/99 markierte den Tiefpunkt: Nach einem missratenen Saisonbeginn lag Werder Bremen ebenso am Tabellenende wie kurz vor Saisonende, nachdem unter dem neuen Trainer Felix Magath nur vorübergehend eine Besserung eingetreten war.

Konsequenz dieser Situation war ein Früchte tragender Neuanfang: Das Vereinspräsidium mit Präsident Franz Böhmert, Vizepräsident Klaus-Dieter Fischer und Schatzmeister Manfred Müller, das seit vielen Jahren, im Falle Böhmerts fast 30, amtiert hatte, trat unter dem Eindruck der krisenhaften Entwicklung 1999 geschlossen zurück. Es machte damit den Weg für die spätere Umgestaltung des Vereins frei. Auch Manager Willi Lemke beendete vorerst seine Tätigkeit bei Werder, wobei sich die gesamte Führungsmannschaft Werders anschließend in neuen Funktionen des Vereins oder der GmbH und Co KGaA im Aufsichtsrat, im Vorstand oder in der Geschäftsführung wiederfand. Neuer Präsident und späterer Vorsitzender der Geschäftsführung wurde Jürgen L. Born. Vor den Rücktritten war die Trennung von Felix Magath beschlossen worden, nachdem das Heimspiel gegen den direkten Abstiegskonkurrenten Eintracht Frankfurt verloren worden war. In akuter Abstiegsgefahr wurde in der Trainerfrage auf eine vereinsinterne Kraft gesetzt und der als Coach der Amateure erfolgreiche Thomas Schaaf zunächst bis zum Saisonende zum Cheftrainer der Profis befördert. Seit 1972 im Verein war Schaaf Spieler in Werders titelreichster Zeit unter Rehhagel und hatte vorher noch keine Profimannschaft trainiert. Er, in dem die Medien und wohl auch der Verein zunächst nur eine Übergangslösung sahen, vermied mit drei Siegen in den letzten vier Spielen den Fall in die Zweitklassigkeit, der Werder in arge finanzielle Nöte gebracht hätte. Kurz nach der Rettung gelang Werder im DFB-Pokal-Finale gegen den FC Bayern München der Sieg im Elfmeterschießen. Schon durch den Finaleinzug qualifizierten sich die Grün-Weißen für den UEFA-Cup, da der FC Bayern München als Meister in die Champions League einzog.

Die nach diesen Erfolgen langfristig angelegte Verpflichtung Schaafs sollte der Grundstein für die Rückkehr in obere Tabellenregionen und das Erreichen weiterer Titel sein.

Auch in dieser Zeit verfügte Werder über gute Spieler, die aufgrund der Umstände meist nicht ihr Potenzial ausschöpfen konnten. Neben langjährigen Stammspielern wie Herzog, Eilts, Votava oder Bode sowie jungen Talenten, die später eine gute Entwicklung nehmen sollten, wie Frank Rost, Raphael Wicky oder Torsten Frings sind hier Nationalspieler wie Hany Ramzy (Ägypten), Jurij Maximow (Ukraine), Mario Basler (Deutschland), Wladimir Bestschastnych (Russland) oder Rade Bogdanović (Serbien und Montenegro) zu nennen.

1999–2004: Neuaufbau und Gewinn des Doubles

Seit der Verpflichtung des Trainer/Manager-Duos Thomas Schaaf und Klaus Allofs 1999 etablierte sich der Verein wieder nach und nach unter den deutschen Spitzenteams. Die Jahre 1999 bis 2003 waren vom gezielten Aufbau einer spielstarken, auf Offensive ausgerichteten Mannschaft geprägt. Sie spielte einen anspruchsvollen und attraktiven, auf direkten Ballstafetten basierenden Fußball. Phasenweise deutete Werder das Potenzial für eine Spitzenmannschaft an, etwa durch das Erreichen des DFB-Pokalfinals 2000 und der meisten Punkte aller Bundesligisten im Kalenderjahr 2001.

Nachhaltige Erfolge blieben, mit Ausnahme der UEFA-Cup-Qualifikation 2002, vorerst aus. Denn die Phase bis 2003 war zugleich von einem eklatanten Mangel an Kontinuität gekennzeichnet, was dazu führte, dass Werder Bremen nach einigen herausragenden Spielen und Ergebnissen meist gegen Saisonende einbrach und seine Chancen verspielte. Daraus resultierend konnten junge und vielversprechende Spieler oft nicht lange gehalten werden, nachdem sie erfolgreichere und finanzstärkere Vereine auf sich aufmerksam gemacht hatten. Andererseits profitierte Werder von den Erlösen aus den Verkäufen Wickys 2000, Rosts 2001 sowie Frings’ und Pizarros 2002. Nach den Wechseln von Herzog und Wiedener 2001 verabschiedeten die Bremer mit Bode 2002 altersbedingt den letzten Verbliebenen der goldenen Ära unter Otto Rehhagel. In der Saison 2002/03 verfehlte Werder zwar als Tabellensechster die Teilnahme am UEFA-Cup, hatte sich aber durch den französischen Nationalspieler und Spielmacher Micoud verstärkt, der zu einer Schlüsselfigur werden sollte. Im Ligaspiel gegen Hansa Rostock am 31. März 2002 gelang es dem Bremer Rost mit dem 3:3 kurz vor Spielende als einziger Bundesligatorhüter neben Jens Lehmann ein Tor aus dem Spiel heraus zu erzielen. Am 27. Mai 2003 erfolgte die Ausgliederung der Profifußballmannschaft und der anderen leistungssportlich orientierten Mannschaften aus dem nun gemeinnützigen eingetragenen Verein in die Werder Bremen GmbH & Co. KGaA.

Die Saison 2003/04 begann zwar mit dem blamablen Ausscheiden gegen den ASKÖ Pasching im UI-Cup-Halbfinale denkbar ungünstig, wurde aber zur erfolgreichsten in der Vereinsgeschichte: Die punktuelle Ergänzung der talentierten und attraktiv spielenden Mannschaft mit erfahrenen und erfolgsorientierten Spielern wie Reinke, Davala und Ismaël führte überraschend dazu, dass sich Werder von Beginn an in der Spitzengruppe der Bundesliga hielt. Die am 16. Spieltag übernommene Tabellenführung wurde bis zum Saisonende nicht mehr abgegeben, der Vorsprung in der Rückrunde auf bis zu elf Punkte ausgebaut; 23 Spiele in Folge wurden nicht verloren. Mit dem 3:1-Sieg beim schärfsten Verfolger FC Bayern München sicherte sich das Team schon am 32. Spieltag mit der besten Auswärtsbilanz, die je ein Bundesligist erzielt hat, die Meisterschaft. Zudem wurde Werders brasilianischer Stürmer Aílton mit 28 Treffern Torschützenkönig der Liga.

Darüber hinaus gewann Werder mit einem 3:2 gegen Alemannia Aachen den DFB-Pokal und damit zum ersten Mal das Double, was in der Bundesligazeit bislang nur dem 1. FC Köln und dem FC Bayern München geglückt war.

Gegenwart und Etablierung als Spitzenmannschaft

In der Saison 2004/05 verpflichtete Werder nach dem Weggang von Aílton Miroslav Klose als dessen Nachfolger. Mit dem Erreichen des DFB-Pokal-Halbfinales sowie des dritten Platzes in der Bundesliga etablierte sich der Verein in der nationalen Spitze. In der Champions League setzte sich Werder in der Vorrunde als Gruppenzweiter unter anderem gegen den damals amtierenden UEFA-Cup-Sieger FC Valencia durch und verlor im Achtelfinale zweimal hoch gegen den französischen Serienmeister Olympique Lyon.

Diese insgesamt positive Entwicklung setzte sich in der darauffolgenden Saison 2005/06 fort, zu deren Auftakt Frings zu Werder zurückkehrte sowie mit Naldo ein neuer Innenverteidiger verpflichtet wurde. Der Verein wurde Vizemeister und stellte mit Klose den Torschützenkönig (25 Tore) sowie Top-Scorer. Im DFB-Pokal schied Bremen beim FC St. Pauli in einem wegen winterlicher Platzverhältnisse umstrittenen Viertelfinale aus. Die Champions League endete für Werder im Achtelfinale gegen Juventus Turin. Das Heimspiel hatte Werder durch späte Tore noch mit 3:2 gewonnen, doch ließ Bremens Torhüter Wiese im Rückspiel in der 88. Minute einen schon abgefangenen Ball wieder fallen, als er zur Zeitgewinnung eine Rolle vollführte, was im Tor zum 1:2 resultierte.

Nach dem Weggang des Spielmachers Micoud wurde dieser 2006/07 durch Diego ersetzt und die Mannschaft außerdem durch Almeida, Fritz, Mertesacker, Womé und Rosenberg verstärkt, womit Werder Bremen mehr als je zuvor investierte. Zum Saisonauftakt gewann Werder den Ligapokal und wurde Herbstmeister. Nach einer Schwächeperiode zu Beginn der Rückrunde, Verunsicherungen durch Wechselgerüchte um und eine Formkrise von Klose sowie Verletzungsproblemen endete die Saison nur auf Rang drei. In der „Todesgruppe“ der Champions League mit dem FC Chelsea und dem FC Barcelona schied Werder mit zehn Punkten aus sechs Spielen als bester Dritter aller Zeiten aus. Im UEFA-Cup-Wettbewerb kam das Aus erst im Halbfinale gegen Espanyol Barcelona.

Vor der Saison 2007/08 verließ Klose den Verein Richtung München. Neben dem Stürmer Boubacar Sanogo wurde nach einem monatelangen Transferpoker Carlos Alberto, der mit 7,8 Millionen Euro teuerste Einkauf der Vereinsgeschichte, verpflichtet, der die Erwartungen nicht erfüllen konnte. Trotz einer Verletzungsmisere war Bremen zum Ende der Hinrunde punktgleich mit Herbstmeister Bayern München. Am 8. Spieltag landete Werder dabei einen historischen 8:1-Heimsieg gegen Arminia Bielefeld. Eine sportliche Krise zu Beginn der Rückrunde kostete Werders Meisterchance, doch wurde Bremen durch eine Serie von acht Spielen ohne Niederlage zum Saisonende noch Vizemeister. Mit insgesamt zwanzig verschiedenen Spielern, die ein Tor erzielten, stellte das Team dabei einen neuen Bundesligarekord auf. In der Champions League erreichte Werder den dritten Vorrundenrang und schied im UEFA-Cup wie auch im DFB-Pokal im Achtelfinale aus.

Der Kader für die Spielzeit 2008/09 veränderte sich kaum. Einzig Tim Borowski, Leistungsträger der vergangenen Jahre, verließ den Verein Richtung Bayern. Für den Sturm wurde mit Claudio Pizarro ein ehemaliger Werderaner vom FC Chelsea ausgeliehen. Die Bundesliga-Saison verlief mit Platz 10 so schlecht wie zuletzt zu Beginn von Schaafs Amtszeit bei Werder Bremen. Die Mannschaft schoss in fünf Spielen jeweils fünf Tore, was keinem anderen Bundesliga-Team gelang. Dem standen allerdings 13 Niederlagen gegenüber, teilweise gegen Abstiegskandidaten. In der Champions League schied Werder in der Gruppenphase aus, erreichte aber wieder den UEFA-Cup. Nach Siegen über den AC Mailand, den AS Saint-Étienne, Udinese Calcio und den Hamburger SV erreichten die Grün-Weißen das Finale in Istanbul, wo sie Schachtar Donezk mit 1:2 nach Verlängerung unterlagen. Werder Bremen gewann dafür den DFB-Pokal durch ein 1:0 im Endspiel gegen Bayer Leverkusen und qualifizierte sich damit für die UEFA Europa League. Nach Ablauf der Saison erfolgt ein Umbruch im Werder-Mittelfeld. Der langjährige Kapitän Frank Baumann beendete seine Karriere und der Brasilianer Diego verließ die Hansestadt in Richtung Italien und unterzeichnete bei Juventus Turin. Darauf wurde Torsten Frings zum neuen Mannschaftsführer ernannt und Marko Marin von Borussia Mönchengladbach verpflichtet sowie Marcelo Moreno Martins für ein Jahr mit anschließender Kaufoption von Schachtar Donezk ausgeliehen. Zusätzlich kehrte Tim Borowski vom FC Bayern München zurück.